Vapaa-ajattelijain liiton jäsenmäärä on laskenut hieman kuluvalla vuosikymmenellä. Vuonna 2011 liiton jäsenjärjestöihin kuului yhteensä 1811 vapaa-ajattelijaa, kun vuonna 2014 jäseniä oli 1576.
Useimpien vapaa-ajattelijayhdistysten jäsenmäärä on pysynyt vakaana. Liiton jäsenmäärän laskuun on vaikuttanut eniten Karkkilan vapaa-ajattelijoiden ero liitosta vuonna 2013. Karkkilan vapaa-ajattelijoilla oli erotessaan 252 jäsentä, ja se oli liiton toiseksi suurin jäsenjärjestö.
Nykyisellään Vapaa-ajattelijain liitolla on 25 jäsenjärjestöä. Liiton ylivoimaisesti suurin jäsenjärjestö on Helsingin vapaa-ajattelijat, johon kuuluu 430 jäsentä. Sen jälkeen tulevat Tampereen vapaa-ajattelijat, jolla on 218 jäsentä, ja Kotkan vapaa-ajattelijat, jolla on 181 jäsentä.
Viime vuonna liiton jäsenmäärässä ei tapahtunut merkittävää muutosta. Vuonna 2014 jäseniä oli yksi vähemmän kuin vuonna 2013.
Lue myös: