Vapaa-ajattelijain Liitto ry. toivoo puolueille lähettämässään kannanotossa seuraavan hallituksen selkiyttävän kirkon ja valtion välistä eroa. Esimerkiksi julkisen vallan toimintoihin liitettyjen uskonnonharjoituksen elementtien se katsoo rikkovan uskonnonvapautta ja yksityisyyden suojaa.
Lisäksi Vapaa-ajattelijain Liitto ry. toivoo uskonnon ja elämänkatsomustiedon valinnaisuuden avaamista myös kirkkoon kuuluville peruskoululaisille ja lukiolaisille. Nykyisellään vain uskontokuntiin kuulumaton voi valita näiden välillä.
Muita liiton tavoitteita ovat jumalanpilkan ja uskonrauhan rikkomisen poisto laista sekä uskonnollisista syistä lapsille tehtävän ympärileikkauksen kieltäminen.