Ortodoksinen kirkkomuseo ryhtyy toimimaan säätiöpohjaisena. Muutoksella selkiytetään hallintorakennetta sekä parannetaan museon rahoitusmahdollisuuksia ja asemaa kulttuuri- ja museokentällä.

Säätiössä ovat mukana Suomen ortodoksinen kirkollishallitus, Kuopion, Joensuun ja Iisalmen kaupungit sekä Keskisuomalainen Oyj.  

Säätiöiminen antaa kirkkomuseolle myös mahdollisuuden pyrkiä valtionosuuden piiriin ja tavoitella myöhemmässä vaiheessa valtakunnallisen erikoismuseon statusta.

Säätiön peruspääoma on 150 000 euroa. Kirkkomuseon hallussa olevat kokoelmat on talletettu säätiön haltuun. Patentti- ja rekisterihallitus antoi vahvistuksensa säätiön säännöille 3.10.2011.