Kirkolliskokous päätti uudistaa kirkon hallintoa kirkkohallituksen esityksessä ehdotetulla tavalla. Muutamien päälinjausten kohdalla tehtiin kuitenkin muutoksia alkuperäiseen esitykseen.
Äänestyksen jälkeen hallintovaliokunnan esitys, jonka mukaan kaikki seurakunnat kuuluvat jatkossa yhtymään, voitti äänin 57-48. Vastaehdotuksen teki edustaja Peter Lindbäck. Hän ehdotti, että aiottu lainsääntö rakenneuudistuksesta mahdollistaisi edelleen yksittäisen itsenäisen seurakunnan, joka on taloudellisesti kannattava ja suuruudeltaan vähintään yhden kunnan kokoinen.
Kirkolliskokousedustajat tekivät yhteensä viisi muutosehdotusta hallintovaliokunnan ehdotukseen, joka koski seurakunnan johtamisjärjestelmää. Äänestyksessä päädyttiin äänin 80-26 edustaja Pertti Rajalan esitykseen, jonka mukaan yhtymän hallintoa kevennetään, mutta yhteistä kirkkoneuvostoa ei lakkauteta. Vastaehdotuksena oli hallintovaliokunnan ehdotus, että yhteinen kirkkoneuvosto korvataan johtoryhmällä.
Yhtymärovastin tehtävistä äänestettiin. Edustaja Aulikki Mäkisen ehdotus johtamisjärjestelmän pysymisestä seurakunnassa ennallaan hyväksyttiin äänin 62-39. Yhtymärovasti vastaa yhtymän hengellisestä johtamisesta, yhteisten työmuotojen johtamisesta sekä edustaa yhtymää ulospäin. Tuomiokapituli määrää tehtävään jonkun yhtymän seurakuntien kirkkoherroista. Yhtymärovasti toimii yhtymän talouden ja hallinnon johtavan viranhaltijan esimiehenä.
Kirkolliskokous äänesti myös seurakuntaneuvoston puheenjohtajasta. Seurakuntaneuvoston puheenjohtajan tulee olla vaaleilla valittu luottamushenkilö. Tehtävään ei tule valita ketään virka-aseman perusteella. Pirjo Ala-Kapeen esitys hyväksyttiin äänin 61-43. Aiemmin puheenjohtaja on ollut kirkkoherra tai tietyin ehdoin neuvoston varapuheenjohtaja.
Kirkkohallitus oli esittänyt seurakuntarakenteiden kehittämistä Seurakuntayhtymä 2015 -mallin mukaisesti. Kirkkohallituksen esitys on periaatelinjaus, jonka pohjalta on tarkoitus valmistella tarvittavat kirkkolain, kirkkojärjestyksen ja kirkon vaalijärjestyksen muutokset. Uuden mallin käyttöönoton aikataulussa on suunniteltu noudatettavaksi kunta-uudistuksen aikataulua.
Korjaus kello 16.5. kello 13.14: Virke ”Seurakuntaneuvoston puheenjohtajan ja jäsenen tulee olla vaaleilla valittuja luottamushenkilöitä. Tehtäviin…” on korjattu oikeaan muotoon ”Seurakuntaneuvoston puheenjohtajan tulee olla vaaleilla valittu luottamushenkilö. Tehtävään…”