Eräs Vatikaanin ja SSPX:n välejä hiertävistä kysymyksistä koskee 1960-luvulla järjestettyä Vatikaanin toista kirkolliskokousta, jota järjestö ei tunnusta.
Jännitteet järjestön ja paavin välillä korostuivat vuonna 1988, kun veljeskunnan perustaja, arkkipiispa Marcel Lefebvre vihki omavaltaisesti neljä piispaa. Tuolloinen paavi Johannes Paavali II julisti Lefebvren vihkimät piispat saman tien pannaan.
Vatikaani ja SSPX ovat etsineet uutta yhteyttä jo muutaman vuoden ajan. Uutistoimisto
Catholic World Newsin
mukaan Vatikaanin uskonopin kongregaatio on tarjonnut syyskuussa järjestölle mahdollisuutta tunnustaa Vatikaanin toinen kirkolliskokous tietyin varauksin, jotka jättäisivät tilaa erimielisyyksille asiakysymyksissä. Sopimusehdotuksen tarkemmasta sisällöstä ei ole kerrottu julkisuuteen.
Mikäli järjestö suostuisi Vatikaanin ehdotukseen, sille voitaisiin myöntää maantieteellisestä hiippakunnasta erillinen niin sanottu personaaliprelatuuri, joka takaisi SSPX:n papeille virallisen aseman katolisessa kirkossa. Vastaava oikeudellinen rakenne on muun muassa Opus Dei -järjestöllä.
SSPX eli Pyhän Pius X:n veljeskunta nousi julkisuuteen vuonna 2009, kun järjestön piispa Richard Williamson kiisti Ruotsin television SVT:n haastattelussa Saksan toisen maailmansodan aikaisten kaasukammioiden historiallisuuden. Samaan aikaan tammikuun 21. päivänä paavi Benedictus XVI vapautti järjestön piispat, mukaan lukien Williamsonin, edeltäjänsä langettamasta kirkollisesta rangaistuksesta. Päätöksestä syntyi valtava julkinen kohu.