Uskonnottomien, vapaa-ajattelijoiden ja ateistien oikeuksia loukataan useimmissa valtioissa. Tämän osoittaa humanistien kansainvälisen yhdistyksen (
International Humanist and Ethical Union
) tekemä tutkimus. Ajatuksenvapaus -raportti 2013 on ensimmäinen tutkimus, joka tarkastelee uskonnottomien oikeuksia ja kohtelua kattaen kaikki maailman valtiot.
Kansainvälinen tutkimus paljastaa syrjinnän rakenteita uskonnottomia kohtaan. Monissa maissa on valtiollisia järjestelmiä, jotka rajoittavat ajatuksen ja ilmaisun vapautta. Uskonnottomien oikeutta mennä naimisiin tai olla valtion viroissa on rajoitettu. Joissain maissa valtio edellyttää uskonnollista tunnustautumista esimerkiksi passissa tai henkilöpapereissa ja tekevät täten laittomaksi identifioitua uskonnottomaksi. Myös kritiikki valtion uskontoa kohtaan on kielletty: 55 maassa jumalanpilkka tai loukkaava uskonnollinen puhe on rikos, josta 39 maassa voi joutua vankilaan. Kuudessa maassa niistä seuraa kuolemanrangaistus. Uskonnon kritiikki voidaan tulkita jumalanpilkaksi tai vihapuheeksi, vaikka kritiikki ei sisältäisikään vihapuheen tunnusmerkkejä.
Uskonnottomat ovat kasvava joukko ympäri maailman. Vuonna 2012 tehdyn tutkimuksen mukaan ateisteja on 13 prosenttia ja ei-uskonnollisia 23 prosenttia maailman väestöstä. Uskonnottomuus kielletään 19 maassa, joissa uskosta luopuminen on rangaistava teko. Ateiksi julkisesti tunnustautuvalle tai maan virallisen uskonnon kieltäjälle voidaan 12 maassa langettaa kuolemantuomio, muun muassa Afganistanissa, Malesiassa, Malediiveilla, Saudi Arabiassa ja Nigeriassa.
YK:n ihmisoikeuksien julistuksen 18 artiklan mukaan jokaisella ihmisellä on ajatuksen, omantunnon ja uskonnon vapaus. Oikeudet koskevat myös uskonnottomia. Raportti painottaa, että kaikkien ihmisten tulisi olla tasa-arvoisia ihmisyyden perusteella vakaumuksestaan tai vakaumuksettomuudestaan huolimatta. Kuitenkin tasa-arvon periaatetta on rikottu niissäkin maissa, joissa on sitouduttu YK:n sopimukseen.
Syrjinnän usein aiheuttaa valtion suosiman aatteen tai uskonnon suosiminen. Jos valtiossa suositaan tiettyä uskontoa, seuraa muille epätasa-arvoinen asema. Tämä ei ole ihmisoikeuksien julistuksen mukaista, raportti huomioi. Myös sekulaarit valtiot loukkaavat uskonnottomien ihmisoikeuksia, ääriesimerkkinä Pohjois-Korea.
Suomi sijoittuu raportin viisiportaisessa asteikossa useiden muiden Euroopan maiden tavoin keskelle. Raportin näkökulmasta täysin vapautta ja tasa-arvoa tukevia maita on raportin asteikolla reilu kymmenen, muun muassa Belgia, Alankomaat, Japani, Nigeria ja Uruguay. Vakavasti uskonnottomien ihmisoikeuksia loukkaavia maita on 30.
Suomen ansioiksi luetaan, että perustuslaissa suojellaan ajatuksen- ja ilmaisunvapautta ja näitä oikeuksia kunnioitetaan käytännössä. Kaikilla on oikeus kuulua tai olla kuulumatta kirkkoon. Syrjimisenä nähdään jo se rakenne, että Suomessa on raportin mukaan kaksi valtionkirkkoa ja muun muassa se, että kirkolle kuuluvat hautausmaat. Valtionkirkkoja rahoitetaan verovaroin, mutta toisaalta raportti penää, että myös muilla uskonnollisilla yhdyskunnilla on mahdollisuus anoa valtion rahoitusta.